CoRe-PA Übersicht


CoRe-PA ist eine Programm zur Rekonstruktion der koevolutionären Geschichte von Wirt-Parasit-Systemen. Wie Tarzan verwendet es ein ereignisbasiertes Modell um kostenminimale Rekonstruktionen zu finden. Diese Ereignisse sind Kospeziation, Sorting, Duplikation und Wirtswechsel.

Mit CoRe-PA kann man:

  • Wirt-Parasit-System mit einem grafischen Editor erstellen
  • zufällige koevolutionäre System mit Hilfe des Beta-Split Modelles (beta 0, -1 oder -1,5) erzeugen
  • zufällige koevolutionäre System durch Simulation von Koevolution erzeugen
  • zufällige koevolutionäre System erzeugen, die den “Charakter” eines gegebenen koevolutionären Systems beibehalten
  • nicht-binäre Wirt-Parasit-Phylogenien analysieren
  • zwischen verschiedenen Verfahrensweisen bei Wirtswechseln wählen
  • Zeitinformationen über Speziationsereignisse verwenden
  • die günstigsten Rekonstruktionen für gegebene Ereigniskosten berechnen
  • die besten Ereigniskosten für ein Wirt-Parasit-System bestimmen (wobei die Ereigniskosten am besten zu den beobachten Ereignishäufigkeiten passen)
  • randomisierte Tests für ein gegebenes Wirt-Parasit-System durchführen
  • Wirt-Parasit-Systeme und ihre Rekonstruktionen als SVG exportieren